Από το 2013, που ξεκίνησε τη λειτουργία του, έχει πραγματοποιήσει τέσσερα ταξίδια, στον Αργοσαρωνικό, το Ναύπλιο, το Λεωνίδιο και τον Πειραιά. Στη διάρκεια του ελλιμενισμού του έχουν τη δυνατότητα να το επισκεφθούν οι κάτοικοι και οι επισκέπτες των περιοχών αυτών και, παράλληλα, πραγματοποιούνται εκπαιδευτικά προγράμματα και εκδηλώσεις εντός του Μουσείου.
Στις 14 Σεπτεμβρίου 2013, 103 χρόνια μετά τη γέννηση του ιδιοκτήτη του, Γιάννη Λάτση, το πλοίο Νεράιδα ξεκίνησε το ταξίδι της αναβίωσης του παραδοσιακού του δρομολογίου.
Το Νεράιδα κατέπλευσε στο Ναύπλιο τη Δευτέρα, 25 Αυγούστου 2014 και άνοιξε για το κοινό από τις 27 Αυγούστου έως τις 12 Σεπτεμβρίου.
Από την 1η έως τις 7 Σεπτεμβρίου 2015, το Πλωτό Μουσείο Νεράιδα επισκέφθηκε έναν από τους τακτικούς προορισμούς των αλλοτινών δρομολογίων του, το Λεωνίδιο.
Το Πλωτό Μουσείο Νεράιδα, στο πλαίσιο συμμετοχής του στον θεσμό «Ημέρες Θάλασσας» που διοργάνωσε ο Δήμος Πειραιά για το έτος 2017, έδεσε στη Μαρίνα Ζέας από την Τετάρτη 24 Μαΐου έως την Τρίτη 30 Μαΐου 2017, δίνοντας την ευκαιρία στο κοινό να το επισκεφθεί δωρεάν.